O Museu Nacional de Arqueologia tem acordos e parcerias nacionais com museus locais e regionais, nomeadamente na colaboração e produção de exposições e na cedência temporária de acervos.
Mantém ainda colaborações institucionais com universidades e fundações para o estudo de coleções e organização de eventos culturais.
Desde há décadas promove, nas sua instalações, exposições em parcerias com Câmaras Municipais para dar a conhecer a herança patrimonial arqueológica local e regional, num espaço nacional, visitado por um público diversificado.
Visita do Presidente da Câmara Municipal de Loulé e outros responsáveis autárquicos, durante a montagem da exposição "LOULÉ. Territórios, Memórias e Identidades". Exposição em em parceria com a CML/MML, em maio de 2017.
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